Antivirus-alarm — серьезно подходит к вопросу и проверка вебсайта на вирусную активность займет у вас какое-то время. Но подождать стоит, ибо этот онлайн сервис проверит наиболее подозрительные файлы вашего ресурса с помощью баз всемирно известных и признанных антивирусных движков, аля McAfee, NOD32, Symantec, Avast, DrWeb, Panda, Kaspersky и многие другие.Проверка на вирусы проводится бесплатно, а вот лечение будет стоить денег (десять тысяч и четыре часа ожидания). Можно будет за скромную плату поставить сайт на автоматическую проверку, чтобы в случае чего узнать о проблемах первым.

Virustotal — популярный онлайн инструмент, позволяющий проверить на вирусы не только сайты, но и файлы на вашем компьютере. На главной странице вам как раз и предложат загрузить файл для проверки, а для инспекции сайта нужно будет перейти по ссылке «scan a URL»

Xseo — уже упоминал этот ресурс при обзоре способов проведения бесплатного анализа сайта. Ну вот, а сейчас он еще научился и на вирусы проверять.Причем, он не только прогоняет указанную страницу по известным ему антивирусным базам, но и проверяет ресурс на присутствие в списке опасных (блокируемых) по версии Гугла и Яндекса, а так же в списке фишинговых ресурсов, что может быть тоже полезно.

Кроме онлайн сервисов можно проверить сайт на вирусы следующими способами:

Выкачать все файлы с веб сервера на свой компьютер (все той же Файлзилой, например) и прогнать их через установленный у вас антивирус. Для лечения лучше всего удалить код руками, ну или просто заменить зараженные файлы на здоровые из имеющегося у вас бэкапа или из здорового дистрибутива вашего движка.

Есть скрипт под названием Айболит, который можно бесплатно скачать и закинуть в корневую папку вашего сайта, а потом запустить из адресной строки браузера. Он проверит наиболее уязвимые файлы на вирусы, шеллы, эксплойты и прочую гадость, после чего вынесет свой вердикт. Подробности читайте по приведенной ссылке. Правда на слабом хостинге данный скрипт может и не отработать.